根据新政发[2013]39号文件《关于取消和调整行政审批事项的决定》，取消的行政许可事项共29项：其中涉及卫生厅（6项）：水处理材料中的无烟煤、骨炭、二氧化钛、聚丙烯、聚氯乙烯、碘树脂、电解槽、电极产品卫生许可。水质处理器中的陶瓷净水器，饮用水PH调节器，氧化电位水发生器，除氟、除砷净水器产品卫生许可等6项内容。
调整的行政许可和非行政许可审批事项中，国务院规定由自治区级下放管理层级的事项共28项：其中涉及卫生厅（2项）：饮用水供水单位卫生许可，下放后实施机关：州、市（地）级、县级人民政府卫生行政部门等2项。调整后共有4项合并的事项，其中涉及水利厅（3项）：1.原由水利厅实施的，（1）水工程建设项目防洪规划审核；（2）水工程建设项目流域综合规划审批等2项合并为1项，即：“水工程建设规划同意书审查”。2.“因施工作业需要搬迁、拆除渔业航标审批”并入“渔业航标设置、撤除、位置移动和其他状况改变审批”。
